SBRI Stem-cell and Brain Research Institute - France (Lyon)

Offre d'emploi: ingénieur de recherche en bio-informatique / Job Offer: Research engineer in bioinformatics Headline News

Date event : November 1, 2020 (All day) Lab News Published on 06/29/2020 - 12:57pm

https://www.sbri.fr/file/offreemploiirbioinfocortexfrpdf

https://www.sbri.fr/file/offreemploiirbioinfocortexfrpdf

 

Offre d’emploi (english version below):  
 
Type de contrat : CDD  
Type de poste : Catégorie A+  
Formation requise : Bac+8 
 
Durée du contrat : 2 ans (renouvelable deux ans)  
Rémunération : sur la base de la fonction publique d’état – grille applicable aux agents contractuels de l’UdL 
Prise de fonction : 1er Novembre 2020 
 
    L’Université de Lyon est un site académique d’excellence à vocation mondiale. Labellisée IDEX en 2017, elle se situe au cœur de la Région Auvergne-Rhône-Alpes, sur le bassin Lyon Saint-Étienne. Structurée autour de 12 établissements membres et d’établissements associés, l’Université de Lyon porte trois ambitions majeures :

▪ Concevoir une grande université attractive, responsable, bénéficiant d’une réputation d’excellence et d’innovation, et dotée d’un fort rayonnement international ;

▪ Proposer une offre de formation et des axes de recherche d’excellence, en adéquation avec les attentes et les mutations de la société ;

▪ Développer et valoriser la dynamique du site Lyon Saint-Étienne, en lien avec tous les acteurs du territoire : citoyens, associations, entreprises, collectivités locales (métropoles de Lyon et Saint-Étienne, Région Auvergne-Rhône-Alpes, autres collectivités territoriales). 
 
L’Université de Lyon recherche un ingénieur de recherche (IR) en bio-informatique pour le LabEx CORTEX. Le LabEx CORTEX est le fruit d’un regroupement multidisciplinaire unique visant à comprendre le cortex et la cognition. Il s’appuie sur une approche intégrative, fondée sur une étude systémique des réseaux et des interactions à des échelles multiples, depuis la cellule jusqu’à l’individu. Il regroupe 22 équipes réparties dans 5 unités Inserm, CNRS, UCBL et Lyon 2. Les activités des LabEx se déclinent suivant 3 volets : recherche, enseignement et valorisation. 

DESCRIPTION DU POSTE 
L’ingénieur de Recherche exercera ses missions sous la responsabilité hiérarchique du Directeur du LabEx Organisation du travail : Temps complet  Lieu de travail : Lyon 
 
Missions principales : Nous recherchons une personne motivée pour structurer une plateforme bio-informatique destinée à l’usage du LabEx CORTEX.  Les candidats doivent être titulaires d'un doctorat en sciences biologiques (idéalement en neurosciences) et posséder une solide expérience en bio-informatique, en particulier dans l'analyse du transcriptome de cellules uniques (liste de publications à l’appui). Une connaissance fine des outils bioinformatiques, y-compris les plus récents, est requise. Il/elle aura de bonnes compétences en communication en français et en anglais, une forte capacité à développer une communauté (par exemple, une expérience antérieure dans la gestion d'une plateforme ou d'une installation commune). Enfin, le/la candidat(e) aura le goût de développer/établir de nouveaux protocoles et de les enseigner/partager à la communauté CORTEX.   
 
Le/La candidat(e) sélectionné(e) travaillera en étroite collaboration avec les plateformes génomiques locales afin de mettre en place une plateforme bioinformatique qui aidera les équipes du LabEx CORTEX à réaliser des expériences de scRNA-Seq.  En particulier, il/elle devra :    - Faciliter la planification de nouvelles expériences de scRNA-Seq - Aider les équipes à analyser les ensembles de données actuellement disponibles, soit directement, soit par la formation et la supervision d'étudiants ou de personnel des équipes participantes. - Évaluer de nouvelles techniques ou procédures d'intérêt général, par exemple établissement et comparaison de protocoles de dissociation des tissus du SNC adulte ... évoluant progressivement pour intégrer des ensembles de données complémentaires (par exemple Chip-Seq, Slice-Seq) 

 

PROFIL RECHERCHE  
Savoirs :

- Doctorat en biologie/neurosciences

- Expertise en analyses bioinformatiques

- Recueil, analyse et traitement des données (connaissance approfondie)

- Langage de programmation (R, Python…)

- Anglais technique

- Compétence d’enseignement/transmission du savoir 
 
Savoir-faire :

- Effectuer une analyse de besoins  

- Packager une application (maîtrise)  

- Élaborer et mettre en œuvre un plan de tests (maîtrise)

 - Construire et gérer une base de données (maîtrise) 
 
Savoir être
:

- Excellent sens de la communication

- Force de proposition

- Autonomie

- Polyvalence

- Capacité à travailler en équipe 

 

CANDIDATURES 
Envoi des candidatures : lettre de motivation + CV + 3 références (nom, adresse, email, téléphone) exclusivement par e-mail avant le 25/08/2020 à jennifer.beneyton@inserm.fr

 

 

Job offer:  
 
Full-time position 
2-year contract (renewable) 
Salary based on French public administration grid 
Starting date: November 1st 2020 
 
    
The University of Lyon is a worldwide academic site of excellence. Labelled IDEX in 2017, it is located in the heart of the Auvergne-Rhône-Alpes region, in the Lyon Saint-Étienne basin. Structured around 12 members, the University of Lyon has three major ambitions:

• To design a large, attractive, responsible university with a reputation for excellence and innovation and a strong international reputation;

• Propose a training and research program of excellence, in line with the expectations and changes in society;

• Develop and enhance the dynamics of the Lyon Saint-Étienne site, in conjunction with all the players in the area: citizens, associations, businesses, local authorities (Lyon and Saint-Étienne metropolitan areas, Auvergne-Rhône-Alpes Region, other local authorities). 

The University of Lyon is looking for a research engineer (IR) in bioinformatics for the LabEx CORTEX. The LabEx CORTEX brings together 22 research teams in Neuroscience who conduct multiscale research, from molecular and cellular bases of neuronal physiology to cognitive functions in normal and pathological contexts. It is an exciting international multidisciplinary research environment. The LabEx activities are divided according to three axes: research, education and dissemination.

 
JOB DESCRIPTION 
A full-time position is available for a period of 2 years (renewable) to establish a bioinformatics platform within the LabEx CORTEX of the University of Lyon.

 
We are seeking highly motivated candidates with a PhD in biological sciences (ideally in Neurosciences) and strong experience in Bioinformatics, in particular with next generation single cell RNA-Sequencing analysis. The candidate will have a published track record within this field and strong knowledge of up to date bioinformatics tools. She/he will have good communication skills in French and English, strong capacity to develop networks (e.g. a previous experience in managing a platform or a common facility). Finally, the candidate will have the task of developing/establishing new protocols and teaching/sharing them to the CORTEX community.   

The selected candidate will work closely with local genomic facilities in order to lay the foundation of a bioinformatics platform to assist LabEx CORTEX teams in performing single cell RNA-Sequencing experiments. Hence, she/he will be involved in:       
• Facilitating the planning of new single cell RNA-Sequencing experiments. 
• Assisting teams in the analysis of currently available datasets, either directly or by the training/supervision of students/staffs from the participating teams. 
• Establishing new techniques or procedures of general interest, e.g. establishment and comparison of adult CNS tissue dissociation protocols… gradually evolving to integrate complementary datasets (e.g. Chip-Seq, Slice-Seq) 
 

PROFILE  
Competences
- PhD in biology/neurosciences

- Expertise in bioinformatics analysis

- Advanced expertise in data collection, processing and analysis

- Good knowledge of programming languages (R, Python…)

- Technical English - Teaching and knowledge transfer competences

- Build and manage databases 
 
Soft skills
:

- Excellent communication skills

- Proactive, autonomous and versatile

- Strong ability to work in a team 

 

APPLICATION 
Send resume, reference (name, email, address, phone) and application letter to jennifer.beneyton@inserm.fr  
Deadline: August 25th